预测年轻乳腺癌患者生存率列线图的建立和验证

目的:构建预测年轻乳腺癌患者生存情况的列线图，以期帮助临床诊疗。方法:收集SEER数据库中5 525例年轻乳腺癌患者的临床信息，通过单因素Log-rank检验和多因素Cox生存分析筛选出独立预后因素,用于构建预测患者3、5年总生存率(overall survival,OS)和癌症特异性生存率（cancer special survival,CSS)的列线图，将我院就诊的147例年轻乳腺癌患者作为验证集进行外部验证。结果:单因素和多因素分析结果显示，种族、病理类型、组织学分级、T分期、N分期、M分期、ER状态、HER-2状态、手术方式是与患者OS和CSS相关的独立危险因素，将这些因素纳入并建立预测患者OS和CSS的列线图模型。内部和外部验证结果显示模型具有良好的预测性能。基于建立的OS和CSS列线图模型对患者进行了风险分层，能够准确地将年轻乳腺癌患者分成预后有显著差异的三个风险亚组。结论:本研究构建的预测模型能较为准确的预测年轻乳腺癌患者的预后情况，为临床的诊疗提供科学依据。     

基于TCGA数据库挖掘甲状腺乳头状癌淋巴结转移相关的突变基因及其机制探讨北大核心

目的:挖掘并筛选与甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)淋巴结转移相关的突变基因及其潜在的机制。方法:从TCGA数据库获得377例PTC患者的测序数据及完整的临床资料,并分为淋巴结转移组(LM,n=212)与无淋巴结转移组(NLM,n=165)。利用R语言(v3.6.2)对转移组特有的突变基因进行富集分析。采用String在线软件绘制蛋白互作网络,Cytoscape软件筛选网络中的核心基因。在UALCAN网站上验证基因表达量与淋巴结转移之间的关系。利用荧光实时定量PCR测定候选基因在细胞系中mRNA的表达量。结果:一共筛选出1197个仅在LM组发生突变的基因,它们主要富集在黏着连接、细胞黏附分子(cell adhesion molecules,CAMs)通路。CAMs通路的核心基因ITGB1与VCAN的表达量与淋巴结转移相关。与正常甲状腺细胞系相比,VCAN基因在PTC细胞系TPC-1和B-CPAP中mRNA的表达量较高,尤其是B-CPAP细胞系。结论:CAMs通路可能是PTC淋巴结转移相关机制之一,其中VCAN基因可能是潜在的分子标志物。     

Registries,Databases and Repositories for Developing Artificial Intelligence in Cancer Care

Modern artificial intelligence techniques have solved some previously intractable problems and produced impressive results in selected medical domains. One of their drawbacks is that they often need very large amounts of data. Pre-existing datasets in the form of national cancer registries, image/genetic depositories and clinical datasets already exist and have been used for research. In theory, the combination of healthcare Big Data with modern, data-hungry artificial intelligence techniques should offer significant opportunities for artificial intelligence development, but this has not yet happened. Here we discuss some of the structural reasons for this, barriers preventing artificial intelligence from making full use of existing datasets, and make suggestions as to enable progress. To do this, we use the framework of the 6Vs of Big Data and the FAIR criteria for data sharing and availability (Findability, Accessibility, Interoperability, and Reuse). We share our experience in navigating these barriers through The Brain Tumour Data Accelerator, a Brain Tumour Charity-supported initiative to integrate fragmented patient data into an enriched dataset. We conclude with some comments as to the limits of such approaches.     

Systematic review of clinical practice guidelines on the management of community acquired pneumonia in children

Childhood community acquired pneumonia (CAP) is the leading cause of mortality in children under 5 years worldwide. Clinical practice guidelines (CPGs) may be limited by method of development, scope of recommendations and the quality of supporting evidence. This study systematically identified, appraised and compared the recommendations of CPGs for the management of paediatric CAP using the AGREE II tool.The systematic review yielded 1409 non-duplicate results, of which 14 CPGs were appraised. Four of the fourteen CPGs were deemed high quality. Most CPGs were considered low-medium quality with ‘rigour of development’ and ‘applicability’ the weakest domains. These areas should be considered in deriving CPGs in the future. Recommendations were generally similar across all guidelines; however, there was notable heterogeneity in three areas. This suggests the need for further evidence to guide management decisions on oxygen saturation thresholds for admission, the utility of investigations such as acute phase reactants, and the duration of antibiotic therapy.     

婚姻状态对原发性中枢神经系统淋巴瘤患者预后的影响：一项倾向性评分匹配研究

背景 原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）的预后较差，明确其预后危险因素是改善其预后的关键。生物-心理-社会医学模式提示社会心理因素的重要性。婚姻是重要的社会心理因素之一，但婚姻状态对PNSCL患者预后的影响尚不明确。 目的 探究婚姻状态对PCNSL患者总生存（OS）和癌因生存（CSS）的影响。 方法 于2020年，提取2000—2016年美国"监测、流行病学和结果"数据库的3 993例PCNSL患者的病例资料，包括社会人口学资料（婚姻状态、确诊年龄、种族、性别和确诊年份）、临床病理资料（病理类型、肿瘤位置）、治疗资料（手术、放疗和化疗）及结局资料（生存信息和随访时间）。依据婚姻状态将患者分为已婚和非已婚两组，其中非已婚包括单身、离异和丧偶。采用倾向性评分匹配均衡基线资料，采用Kaplan-Meier分析（Log-rank检验）、Cox回归评估婚姻状态对患者OS和CSS的影响。 结果 倾向性评分匹配后，已婚组和非已婚组患者基线资料比较，差异均无统计学意义（P>0.05）。将患者按婚姻状态分为已婚和非已婚组：Log-rank检验结果显示，与已婚患者相比，非已婚患者的OS和CSS更差（P<0.05）；倾向性评分匹配后，校正确诊年龄、种族、性别、确诊年份、病理类型、肿瘤位置、手术、放疗和化疗因素后，多因素Cox回归分析结果显示，非已婚患者的OS风险是已婚患者的1.24倍〔95%CI（1.14，1.36），P<0.001〕，非已婚患者的CSS风险是已婚患者的1.22倍〔95%CI（1.11，1.33），P<0.001〕。将患者按婚姻状态分为已婚、单身、离异、丧偶组：Log-rank检验结果显示，与已婚患者相比，丧偶患者的OS和CSS预后更差（P<0.05）；校正确诊年龄、种族、性别、确诊年份、病理类型、肿瘤位置、手术、放疗和化疗因素后，多因素Cox回归结果显示，单身患者OS和CSS风险分别是已婚患者的1.14倍〔95%CI（1.03，1.27），P=0.013〕和1.15倍〔95%CI（1.03，1.29），P=0.012〕，离异患者OS和CSS风险分别是已婚患者的1.23倍〔95%CI（1.07，1.41），P=0.004〕和1.22倍〔95%CI（1.05，1.41），P=0.009〕，丧偶患者OS和CSS风险分别是已婚患者的1.37倍〔95%CI（1.21，1.54），P<0.001〕和1.28倍〔95%CI（1.12，1.46），P=0.013〕。 结论 婚姻状态影响PCNSL患者OS和CSS，与已婚相比，单身、离异和丧偶患者的预后更差，这提示在临床管理和决策中，除了传统的肿瘤生物学特征，还应关注婚姻状态对PCNSL患者预后的影响。     

中草药种植品质知识图谱的构建

科学合理地种植中草药是解决中药资源紧缺、保障中药质量的根本方法。中草药品质受种子种苗、种植措施、土壤状况等多种因素影响，各影响因素对中草药品质产生不同的作用，但迄今为止并没有通过调控中草药种植因素分析中药材品质的模型和方法。因此，本研究通过文献调研结合专家种植经验，综合分析影响中草药种植指标的复杂因素，以提高中药材品质为目标，基于图数据库的方法构建影响不同中草药种植品质的知识图谱，探讨中草药种植因素与指标之间的关系，通过调节影响中药材品质的因素，为中草药种植以及提高中药品质提供依据。     

慢性鼻窦炎指南的评价与内容分析

背景　慢性鼻窦炎是耳鼻喉科高发疾病，对患者造成严重的影响和经济负担，但目前国内外慢性鼻窦炎诊疗指南推荐意见存在差异。目的　对慢性鼻窦炎诊疗指南进行质量评价并分析其治疗意见，为指南制定和推荐意见的采纳提供建议。方法　于2019年2月检索中英文数据库和各专业指南网站获取相关文献，同时追踪参考文献，筛选适用于青少年及成年人的推荐意见中包含对慢性鼻窦炎的治疗意见的指南。检索时间为建库至检索日期。使用临床指南研究与评估系统Ⅱ（AGREE Ⅱ）和卫生保健实践指南报告清单（RIGHT）对纳入指南的方法学质量和报告质量进行评价，并绘制气泡图和思维导图，对比分析关于慢性鼻窦炎治疗的推荐意见。结果　最终纳入8部指南，AGREE Ⅱ评价总分平均为48.76%（30.90%~73.09%），仅2部指南强烈推荐使用（得分>60%），其余6部需修订后推荐。RIGHT条目总体报告率为34.29%~65.71%，其中评审和质量控制方面报告率均为0。指南推荐一致的治疗方法包括皮质类固醇、鼻腔盐水冲洗和手术治疗，以及过敏者口服抗组胺药，可选用的措施包括细菌溶解物、黏痰溶解药、质子泵抑制剂、植物疗法、辣椒素、亮氨酸拮抗剂、鼻用呋塞米、木糖醇盐水冲洗液、次氯酸钠盐水冲洗液、含婴儿香波的盐水冲洗液，尚无统一观点的治疗措施包括抗生素、减充血剂、白三烯受体拮抗剂、IgE拮抗剂及阿司匹林加重呼吸系统疾病患者阿司匹林脱敏治疗。结论　现有慢性鼻窦炎诊疗指南制定方法及其报告质量需提高，建议纳入患者的偏好、使用统一的评价工具和考虑运用性。推荐意见有冲突时，建议参考制定方法更为严谨的指南。     

基于Oncomine数据库分析PD-L1基因在头颈部癌中的表达及预后

目的:研究程序性死亡因子配体1(programmed death factor 1,PD-L1/CD274)在头颈部癌中的表达情况,并分析其与临床病理特征及预后的相关性。方法:挖掘Oncomine数据库中关于PD-L1基因在头颈部癌中的相关数据,进行PD-L1表达量与头颈部癌临床生物学特性的相关分析,并利用数据库中生存数据进行生存分析。结果:Oncom-ine数据库中有关PD-L1基因癌组织/正常组织表达量的分析共176项,其中高表达的癌种共4项,低表达2项;在头颈部癌组织中,显著高表达1项。Meta分析显示,PD-L1在头颈部癌中呈现高表达,显著高于正常组织。在人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)阳性的HNC患者中PD-L1的表达显著高于HPV阴性HNC患者(0.38 vs 0.16,P=0.018),有远处转移的患者显著高于无转移者(1.36 vs 0.55,P=0.004)。生存分析显示PD-L1表达量与生存期无显著相关。结论:PD-L1在头颈部癌中表达水平高,与人乳头瘤病毒状态及肿瘤转移相关,与生存期不相关。     

基于TCGA数据库分析ASPM在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：探讨异常纺锤体样小头畸形相关基因（ASPM）在肺腺癌中的表达水平，及其与患者临床病理指标和预后的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织mRNA表达水平和临床病例资料，比较ASPM mRNA在癌组织和癌旁组织中的表达差异，统计学分析ASPM表达水平与肺腺癌患者临床病理指标及预后关系。通过R语言ballgown和ggplot包筛选高低表达ASPM组间差异基因并绘制火山图；利用DAVID工具对差异基因进行GO分析，采用GSEA预测ASPM可能调控的信号通路；STRING和Cytoscape分析关键基因及差异表达基因间的相互作用。结果：ASPM mRNA在肺腺癌中表达水平显著高于癌旁组织（P < 0.05）；ASPM表达水平与生存期相关，高表达ASPM肺腺癌患者预后较差（P < 0.05），是肺腺癌患者预后的独立危险因素，R语言ballgown包筛选出ASPM高低表达组间的差异表达基因共183个，差异表达基因富集到生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）在3个类别共19个亚类和18条KEGG通路；Cytoscape软件发现4个枢纽蛋白。结论：ASPM mRNA在肺腺癌患者中呈高表达且高表达组预后差，可作为判断肺腺癌预后的标志物。     

Prognostic impact of distinct genetic entities in pediatric diffuse glioma WHO-grade II—Report from the German/Swiss SIOP-LGG 2004 cohort

Reports on pediatric low-grade diffuse glioma WHO-grade II (DG2) suggest an impaired survival rate, but lack conclusive results for genetically defined DG2-entities. We analyzed the natural history, treatment and prognosis of DG2 and investigated which genetically defined sub-entities proved unfavorable for survival. Within the prospectively registered, population-based German/Swiss SIOP-LGG 2004 cohort 100 patients (age 0.8-17.8 years, 4% neurofibromatosis [NF1]) were diagnosed with a DG2. Following biopsy (41%) or variable extent of resection (59%), 65 patients received no adjuvant treatment. Radiologic progression or severe neurologic symptoms prompted chemotherapy (n = 18) or radiotherapy (n = 17). Multiple lines of salvage treatment were necessary for 19/35 patients. Five years event-free survival dropped to 0.44, while 5 years overall survival was 0.90 (median observation time 8.3 years). Extensive genetic profiling of 65/100 DG2 identified Histone3-K27M-mutation in 4, IDH1-mutation in 11, BRAF-V600-mutation in 12, KIAA1549-BRAF-fusions in 6 patients, while the remaining 32 tumor tissues did not show alterations of these genes. Progression to malignant glioma occurred in 12 cases of all genetically defined subgroups within a range of 0.5 to 10.8 years, except for tumors carrying KIAA1549-BRAF-fusions. Histone3-K27M-mutant tumors proved uniformly fatal within 0.6 to 2.4 years. The current LGG treatment strategy seems appropriate for all DG2-entities, with the exemption of Histone3-K27M-mutant tumors that require a HGG-related treatment strategy. Our data confirm the importance to genetically define pediatric low-grade diffuse gliomas for proper treatment decisions and risk assessment.